Comme la plupart des tenants de la théorie des "deux totalitarismes", Courtois a du mal à dissimuler qu'à choisir, il penche vers celui de droite.
Cf. par exemple son éloge de la manoeuvre vaticane de 1937, consistant à les condamner par deux encycliques à quelques jours d'intervalle.
Celle contre le nazisme est créditée, par Courtois, du mérite d'absoudre le nazisme du péché suprême, renouvelé de Marx, que serait la condamnation de la propriété privée.